Zu den dominierenden Waldgesellschaften zählen bodensaure Buchenwälder. Eichen -Hainbuchenwälder sind im Gebiet eher an den Unterhängen und auf flachgründigen und wärmebegünstigten Standorten anzutreffen. Der nach Westen hin gerichtete Steilabfall der Tischwand gegenüber von Willendorf ist sogar mit einem "Schlucht- und Hangmischwald" bestockt. Naturnahe Wälder sind eine bisher kaum wahrgenommener Naturkostbarkeit der Wachau.

Gefährdet sind diese Wälder durch Umwandlung in monotone Fichten- und Douglasienforste, die das Landschaftsbild der Wachau verdüstern und seltenen Tieren und Pflanzen keinen Lebensraum mehr bieten.

Entlang der Donau finden sich noch Reste der ursprünglichen Aulandschaft. Weichholzauwälder kommen z.B. in der Pritzenau bei Rossatz vor. Kleinstflächige Hartholzauwälder finden sich nur noch zwischen Schönbühel und Aggsbach.

In 5 ausgewählten Waldgebieten wurden insgesamt 160 ha Naturwaldzellen für an Alt- und Totholz gebundene Tierarten eingerichtet. Das LIFE Natur-Projekt hat um die Ferdinand-Warte (4,5 ha) bei Unterbergern gemeinsam mit der Stadtgemeinde Mautern, in Dürnstein am Höhereck (3,5 ha) und in Spitz am Buchberg (15,5 ha) Wälder außer Nutzung gestellt. Ebenso wurden in der Gemeinde Rossatz-Arnsdorf und mit der Agrargemeinschaft Rossatz am Gochelberg-Toten Berg (63,8 ha) und auf der Steinigen Ries (72,8 ha) große naturnahe Waldgebiete aus der forstlichen Nutzung genommen. Alle Flächen wurden zum Naturschutzgebiet oder Naturdenkmal erklärt.
Diese naturbelassenen Gebiete sind u.a. Lebensraum für gefährdete Vogelarten wie Schwarzstorch, Weißrückenspecht, Zwegschnäpper und viele mehr. Alt- und Totholz sind für seltene Käfer wie Großer Ecihenbock und Hirschkäfer überlebensnotwendig. Waldverbesserungen wurden durchgeführt, indem zB Fremdhölzer wie Robinien und standortfremde Fichtenbbestände geschlägert wurden. Auch in den Auwaldgebieten in Grimsing, Aggsbach Dorf und Rührsdorf-Rossatz wurden standortuntypische Gehölze (Robinie, Eschenahorn) entfernt und sogar neue Auwaldflächen geschaffen.
Insgesamt wurden auf rund 65 ha verbessernde Maßnahmen durchgeführt.

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