Die Donau hat in der freien Fließstrecke ein Defizit an Uferstrukturen wie Kiesbänke und Flachufer. Sie sind für die Reproduktion vieler Donaufischarten und als Rast- und Brutgebiete für Wasservögel essentiell.
Durch die Regulierung des Donaustroms vor über 100 Jahren entstanden Längsverbauungen großteils mit Treppelwegen. Dadurch wurden Aubereiche und Nebenarmsysteme vom Hauptstrom abgetrennt. Diese Augewässer verlandeten zunehmend und wurden selten bei Hochwässern überflutet.

Die Fischfauna hat durch diese Entwicklung in bedeutendem Umfang Lebensräume verloren. Durch die Errichtung der beiden Donaukraftwerke Melk und Altenwörth, ohne Aufstiegshilfen für Fische ist die Fischwanderung in der Donau stark eingeschränkt. Nennenswerte Laichgründe für Donaufische finden sich in den größeren Zubringermündungen von Pielach und Melk, die im Rahmen eines LIFE Natur Projektes Lebensraum Huchen fischpassierbar gemacht wurden. Laichgründe im Strom selbst sind äußerst selten geworden. Die Donau- Fließstrecke der Wachau ist nicht zuletzt durch das Vorkommen des Huchen ein bedeutender Lebensraum für Donaufische.

Ein Ziel des LIFE Natur-Projektes war die Strukturierung des Donau-Hauptstromes: Mit dem Schotter, den via donau aus der Schifffahrtsrinne baggert, werden, einem in LIFE Wachau erarbeiteten Kieskonzpt folgend, in Ufernähe Kiesbänke und Inseln angelegt. Bisher wurden 24 verschiedenen Kiesstrukturen mit knapp 427.000 m³ geschüttet. Der im Wachauabschnitt gebaggerte Schotter verbleibt damit in der Wachau. Auch über LIFE hinaus wird die ökologische Schotterbewirtschaftung gemäß dem Kieskonzept fortgesetzt.

Die Altarme bei Grimsing, Aggsbach Dorf und Rührsdorf -Rossatz wurden wieder mit der Donau verbunden. Das Ziel Alt- und Nebenarme wieder an die Donau anzubinden um langfristig die ganzjährige Durchströmung mit Donauwasser zu sichern wurde erfolgreich umgesetzt. Über 6 km neue Donaunebenarme wurden mit LIFE Natur geschaffen. Dafür wurden knapp 600.000 m³ Feinsedimente und Schotter gebaggert und die Gerinne soweit eingetieft, dass auch in Trockenperioden eine Dotierung mit Donauwasser gesichert ist. Mit dem gebaggerten Material wurden die angrenzenden Donaublockwürfe überschüttet und attraktive Flachufer geschaffen.

Die neuen Nebengewässer und die von via donau geschüttenten Schotterufer und -inseln bereichern das Landschaftsbild und den Naturraum Donau. In den neu geschaffenen, wellenschlaggeschützten Seichwasserzonen können Jungfische wieder überleben. Auch andere gewässerrbewohnende Arten wie Flussuferläufer, Eisvogel, Biber und Fischotter profitieren von der neuen Dynamik der Donau in der Wachau.
Gewässerökologen bestätigen die erfolgreiche Umsetzung der Projektziele im Natura 2000-Gebiet Wachau. Über 30 Fischarten finden in der Wachau wieder ausreichend Lebensraum, darunter gefährdete Donaufische wie Huchen, Streber, Zingel, Schrätzer und Frauennerfling. Auch die rückläufigen Bestände der ehemals häufigen Nase können sich wieder erholen.
Nicht zuletzt wurden und begleitenden Auen als Naherholungsraum aufgewertet.